История фестиваля началась в 2010 году. Правда, тогда он проходил на озере Янисъярви и назывался по-другому — «Заячье озеро-2010», но даже в первый год своего существования это событие вызвало большой интерес у публики. Так, по данным организаторов, на фестиваль зарегистрировалось более 100 участников, причём не только из России, но и из соседней Финляндии, так что статус международного фестиваль приобрёл уже тогда. В последующие годы фестиваль постепенно развивался, ещё один раз изменил название, пока, наконец, в 2013 году получил своё нынешнее наименование — «Ладожские шхеры». Однако всегда неизменными оставались организаторы мероприятия — ООО «Колмас Карелия», Администрация Сортавальского района и Правительство Республики Карелия.
Что касается спонсорской поддержки, то её уровень так же растёт год от года, а значит, призы для победителей становятся всё более интересными, что, во многом, и привлекает на фестиваль большое число участников. Так, в 2016 году за 1 место вручали катер от компании «Astron Marine», а в 2018 году общий призовой фонд составил более 1 000 000 рублей.